Kegiatan utama APIP meliputi audit, reviu, pemantauan, evaluasi, dan kegiatan pengawasan lainnya berupa sosialisasi, asistensi dan konsultansi, namun peraturan ini hanya mengatur mengenai Standar Audit APIP. Kegiatan audit yang dapat dilakukan oleh APIP pada dasarnya dapat dikelompokkan ke dalam tiga jenis audit berikut ini:

1. Audit atas laporan keuangan yang bertujuan untuk memberikan opini atas kewajaran penyajian laporan keuangan sesuai dengan prinsip akuntansi yang diterima umum.
2. Audit kinerja yang bertujuan untuk memberikan simpulan dan rekomendasi atas pengelolaan instansi pemerintah secara ekonomis, efisien dan efektif.
3. Audit dengan tujuan tertentu yaitu audit yang bertujuan untuk memberikan simpulan atas suatu hal yang diaudit. Yang termasuk dalam kategori ini adalah audit investigatif, audit terhadap masalah yang menjadi fokus perhatian pimpinan organisasi dan audit yang bersifat khas.

Ruang lingkup kegiatan audit yang diatur dalam Standar Audit ini meliputi audit kinerja dan audit investigatif, sedangkan audit atas laporan keuangan yang bertujuan untuk memberi opini atas kewajaran penyajian laporan keuangan wajib menggunakan Standar Pemeriksaan Keuangan Negara (SPKN) sebagaimana diatur dalam peraturan perundang-undangan. Sumber: Permen PAN PER/05/M.PAN/03/2008