File
Protein Data Bank (PDB) adalah file molekul 3D yang menyimpan struktur molekul. Sekarang, jika Anda bertanya-tanya bagaimana cara membuka file seperti itu di PC, posting ini akan menarik bagi Anda. Di sini, kita akan membahas file PDB secara detail dan cara melihat file tersebut di Windows 11/10. Jadi, tanpa banyak basa-basi, mari kita lihat!
Apa itu file Protein Data Bank (PDB)?
Protein Data Bank (PDB) adalah database untuk data struktural 3D protein, asam nukleat, dan molekul besar lainnya. File dengan ekstensi file pdb pada dasarnya adalah file yang berisi data yang terkait dengan struktur molekul biologis 3D. Data tersebut meliputi koordinat atom, struktur atom, konektivitas atom, struktur protein, struktur asam nukleat, dan banyak lagi. Ini juga berisi metadata eksperimental.
Format file ini sebagian besar digunakan dalam Bioinformatika untuk bertukar koordinat protein. Ini berisi ribuan baris yang menggambarkan struktur protein. Sekarang, jika Anda ingin membaca atau melihat file PDB di PC Windows, Anda perlu menggunakan alat pihak ketiga khusus karena tidak ada aplikasi asli untuk melakukannya. Dalam posting ini, kita akan membahas berbagai metode untuk melihat file PDB di Windows 11/10.
Cara melihat file Protein Data Bank (PDB) di Windows 11?
Ada dua metode untuk melihat file Protein Data Bank (PDB) pada Windows 11/10 Anda adalah sebagai berikut:
Gunakan perangkat lunak gratis untuk melihat file PDB.Coba alat online gratis untuk membaca file PDB.1] Gunakan perangkat lunak gratis untuk melihat file PDB
Anda dapat menggunakan perangkat lunak pihak ketiga untuk Windows yang memungkinkan Anda buka dan lihat file PDB. Ada beberapa aplikasi desktop gratis yang tersedia untuk Windows yang dapat Anda coba. Berikut adalah beberapa yang bagus yang dapat Anda gunakan:
IQmolSwiss-PdbViewerCueMolMolekelRasMol
A] IQmol
IQmol adalah editor molekuler open-source dan perangkat lunak visualisasi gratis untuk Windows 11/10. Dengan menggunakannya, Anda dapat melihat PDB serta berbagai file molekul 3D lainnya, misalnya, MOL, SMI, CUBE, XYZ, dll. Anda dapat menemukan semua alat visualisasi molekul penting dalam perangkat lunak ini. Alat-alat ini berkisar dari yang dasar hingga yang canggih. Selain melihat file PDB, Anda juga dapat mengedit struktur molekul.
Ini memungkinkan Anda membuka beberapa file PDB sekaligus dan melihat semuanya sekaligus. Dari panel Model View, Anda dapat mengaktifkan atau menonaktifkan visualisasi satu atau lebih file PDB.
Fitur Utama IQmol:
Fitur penampil file PDB gratis dan open source yang dapat Anda perhatikan adalah:
Anda dapat menemukan semua standar alat melihat file yang mencakup memperbesar/memperkecil (menggunakan roda mouse), menggeser, memutar, tampilan layar penuh, mengatur ulang tampilan, menunjukkan sumbu, dll. Ini memungkinkan Anda menyesuaikan tampilan model dengan mengedit pengaturan seperti shader, ambient, diffuse, fog strength , sorotan, intensitas kebisingan, opsi POV-Ray, dll. Anda juga dapat menambahkan label atom seperti massa atom, muatan parsial, NMR, kerapatan putaran, dll. Ini memungkinkan Anda dapat mengatur pengaturan kamera sesuai keinginan Anda. Anda dapat menyesuaikan proyeksi kamera, posisi, dll. Ada fitur Rotasi Otomatis yang berguna di dalamnya yang memungkinkan Anda untuk membiarkan model molekul berputar secara otomatis. Anda dapat menyimpan tampilan struktur protein saat ini dalam format gambar seperti PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, dll. Ini juga memungkinkan Anda mengonversi PDB ke file molekul lain menggunakan fungsi Simpan sebagai. Format output yang didukung adalah XYZ, MOL, MOL2, CML, dll. Anda juga dapat menggunakan fitur Kalkulasi untuk menghitung energi struktur molekul, gaya, pemindaian PES, status transisi, pergeseran kimia, geometri, dekomposisi energi, koreksi BSSE, dll. melihat fitur, Anda mendapatkan menu Build khusus dengan serangkaian fitur pembentukan molekul. Fitur-fitur ini termasuk menambahkan atom baru, memasukkan molekul baru, meminimalkan struktur, mengatur isotop, dan banyak lagi.
Ini adalah perangkat lunak pemodelan molekul yang sangat bagus yang dapat digunakan untuk memvisualisasikan file Bank Data Protein pada PC Anda. Jika Anda menyukainya, unduh dari sini.
Lihat:Chem4Word adalah Add-in Kimia untuk Microsoft Word.
B] Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer adalah penampil file PDB gratis khusus untuk Windows 11/10. Ini memungkinkan Anda memvisualisasikan dan menganalisis beberapa struktur protein sekaligus. Anda dapat menganalisis struktur protein, struktur DNA, dll., yang terdapat dalam file PDB. Selain file PDB, ini juga memungkinkan Anda membuka dan melihat file MOL dan MMCIF.
Ketika Anda membuka file PDB, tampilan 3D ditampilkan pada antarmuka bersama dengan jendela Panel Kontrol. Panel Kontrol berisi informasi umum, daftar, dan header file. Anda dapat dengan mudah memindahkan struktur, memutarnya, memperbesar/memperkecil, dll.
Ini juga memungkinkan Anda menampilkan atau menyembunyikan permukaan titik, tulang punggung, ikatan-H, vektor gaya, dan banyak lagi sesuai keinginan Anda. Anda juga dapat menyorot bagian yang berbeda dalam skema warna yang berbeda untuk menganalisis struktur dengan lebih baik. Selain itu, Anda dapat menggunakan fitur tampilan seperti Render in Solid 3D, Render POV, Label Tampilan, dan lainnya.
Selain alat visualisasi, Anda juga mendapatkan banyak fitur pemodelan molekul di dalamnya. Selain itu, menghitung energi, menghitung H-bond, menganalisis domain, mendeteksi domain, menghasilkan motif 3D, membangun simetri kristalografi, dan lebih banyak alat juga ada di dalamnya.
Anda dapat mengunduhnya dari situs resminya.
Baca:Perangkat lunak Analisis Nutrisi gratis terbaik untuk Windows 11/10.
C] CueMol
CueMol adalah penampil PDB gratis lainnya untuk Windows 11/10. Ini adalah alat visualisasi struktur makromolekul yang dapat digunakan untuk melihat file PDB. File lain yang dapat Anda buka dan lihat di dalamnya adalah DX, MAP, MTZ, CNS, dll.
Ini memungkinkan Anda beralih antara mode tampilan Perspektif atau Ortografis, memutar model, memperbesar/memperkecil, dll. Anda dapat merender model menggunakan POV -Ray dan metode rendering animasi di dalamnya. Struktur yang diberikan dapat disimpan dalam format PNG. Alat pengukuran juga tersedia yang memungkinkan Anda mengukur jarak, sudut, dan torsi dalam model.
Anda juga dapat menemukan beberapa alat tambahan untuk menganalisis lebih lanjut struktur protein. Alat-alat ini termasuk Superposisi Molekuler, pemotong permukaan Mol, generasi permukaan Mol, editor ikatan Mol, Analisis Interaksi, animasi morphing Mol, dll.
Ini adalah perangkat lunak yang baik untuk memvisualisasikan dan menganalisis struktur protein yang ada dalam file PDB. ? Bagaimana cara mengubah LIT ke EPUB atau MOBI di Windows?
D] Molekel
Software penampil PDB berikutnya dalam daftar ini adalah Molekel. Ini adalah perangkat lunak visualisasi molekul yang cukup tua namun kuat yang memungkinkan Anda membuka dan melihat file PDB. Anda dapat menemukan banyak visualisasi molekul dan alat analisis yang memungkinkan Anda untuk menganalisis struktur protein.
Ini memungkinkan Anda menyesuaikan tampilan molekul, atom, ikatan, residu, dll. Anda dapat memilih jenis tampilan yang berbeda untuk masing-masing seperti Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Line Ribbon, dll. Selain itu, Anda dapat menyesuaikan properti tampilan 3D, menampilkan/menyembunyikan kotak pembatas, menggunakan shader, dll. Ini memungkinkan Anda melihat PDB file dengan mengubah kerapatan elektron permukaan struktur dan menambahkan permukaan yang dapat diakses pelarut ke struktur.
Anda dapat menemukan fitur Animasi di dalamnya untuk memutar animasi struktur molekul. Menu Analisis khusus dengan alat masing-masing juga ada di dalamnya. Dengan menggunakan alat analisis, Anda dapat menentukan data grid, kerapatan putaran, potensi elektrostatik molekul, spektrum radiasi, jarak, sudut, dan lebih banyak lagi struktur.
Ini juga memungkinkan Anda mengonversi file PDB ke berbagai format file. Format ini termasuk PDF, PS, EPS, dan Gambar. Jika Anda menyukainya, Anda bisa mendapatkannya di sini.
Baca:Aplikasi Anatomi Lengkap adalah unduhan yang layak untuk Windows.
E] RasMol
Anda juga dapat menggunakan RasMol untuk melihat file PDB di Windows 11/10. Ini adalah perangkat lunak bebas dan sumber terbuka yang memungkinkan Anda untuk memvisualisasikan dan menganalisis struktur molekul. Ini juga mendukung file lain untuk dibuka dan dilihat, seperti MOL, XYZ, CIF, MOPAC, dll.
Ini memungkinkan Anda melihat struktur dalam bentuk Wireframe, Backbone, Sticks, Ribbons, Strands, dll. Anda juga dapat menyorot bagian yang berbeda struktur dengan warna yang berbeda. Ini juga memungkinkan Anda untuk menampilkan atau menyembunyikan Atom Hidrogen, Atom Hetero, Bayangan, Label, dll., sesuai preferensi Anda. Anda juga dapat mengukur jarak, torsi, sudut, dan nilai lainnya dalam suatu struktur.
Perangkat lunak ini tersedia di sini.
Lihat:Perangkat lunak Anatomi Manusia 3D gratis terbaik untuk Windows.
2] Coba alat online gratis untuk membaca file PDB
Anda juga dapat menggunakan alat online gratis untuk membaca file PDB alat online untuk membuka dan melihat file PDB. Yang harus Anda lakukan adalah membuka situs web di browser web dan mengunggah file PDB Anda untuk melihatnya. Berikut adalah beberapa penampil PDB online gratis yang bagus yang dapat Anda coba:
RCSB PDBMolsoft
A] RCSB PDB
Anda dapat menggunakan alat online gratis yang disebut RCSB PDB untuk memvisualisasikan file Protein Data Bank. Ini memungkinkan Anda mengimpor file PDB dan kemudian memvisualisasikan dan menganalisis struktur molekulnya.
Anda dapat menemukan beberapa fungsi visualisasi dasar seperti Zoom, Rotate, Toggle Expanded Portview, Reset Camera, Toggle Selection Mode, dll. Ini juga memungkinkan Anda mengonfigurasi beberapa pengaturan atau opsi kontrol seperti mode kamera (perspektif atau ortografis), warna latar belakang, mengaktifkan/ menonaktifkan oklusi, mengaktifkan/ menonaktifkan kabut, kliping, tata letak, dll. Dengan ini, Anda dapat memutar struktur protein secara otomatis. Saat melakukannya, Anda dapat menyesuaikan kecepatan dan sudut rotasi. Anda juga mendapatkan alat Pengukuran khusus di dalamnya. Dengan menggunakan alat ini, Anda dapat mengetahui beberapa nilai seperti jarak, orientasi, sudut, dan lainnya.
Selain fitur-fitur ini, beberapa alat praktis yang tersedia di dalamnya adalah Pencarian Motif Struktur, Tambahkan Komponen, Ekspor Animasi, Ekspor Geometri (STL, OBJ , dll.), dan Export Model.
Secara keseluruhan, ini adalah penampil PDB online gratis yang sangat bagus dengan seperangkat alat visualisasi yang hebat. Anda dapat mencobanya di sini.
B] Molsoft
Molsoft adalah alat online lain yang dapat Anda gunakan untuk memvisualisasikan struktur PDB. Ini adalah penampil file PDB sederhana dengan fitur dasar. Untuk memulainya, buka situs webnya dan klik opsi menu tiga bilah. Setelah itu, pilih opsi Buka untuk mengimpor file PDB yang disimpan secara lokal atau mengunggah file dari Google Drive Anda. Saat Anda memilih file, itu akan menunjukkan kepada Anda struktur molekul di penampilnya.
Anda dapat menggunakan mode tampilan yang berbeda untuk memvisualisasikan struktur. Mode ini termasuk wireframe, Creatine phosphokinase (CPK), bola & tongkat, pita, dll. Anda dapat dengan mudah beralih di antara mode tampilan ini sesuai kebutuhan Anda. Selain itu, ini memungkinkan Anda mengaktifkan atau menonaktifkan label atom, label residu, ikatan hidrogen, dan situs untuk pemahaman yang lebih baik tentang struktur.
It juga menyediakan alat pengukuran. Anda dapat mengukur jarak, sudut planar, dan sudut puntir dalam model. Juga, fitur Color by yang berguna untuk mewarnai struktur berdasarkan jenis atom, rantai, pelurusan, struktur sekunder, dan banyak lagi tersedia di dalamnya.
Ini adalah penampil file PDB online bagus lainnya yang dapat Anda coba secara gratis.
Bagaimana cara mengunduh PDB file dari Protein Data Bank?
Untuk mendownload file PDB dari Protein Data Bank, anda bisa mengunjungi website Protein Data Bank dan ketik dan cari dengan nama protein atau Macromolekul seperti Human Hemoglobin, Kitinase, dll. Setelah itu dari pencarian hasil, pilih file dan gunakan opsi unduh untuk mengunduh file PDB. Sesederhana itu.
Bagaimana cara melihat struktur PDB?
Struktur molekul PDB dapat dilihat menggunakan alat online khusus atau aplikasi perangkat lunak. Anda dapat mencoba freeware seperti IQmol, Swiss-PdbViewer, dan CueMol untuk memvisualisasikan dan menganalisis struktur PDB pada PC Anda. Jika Anda lebih suka menggunakan alat online, ada banyak pilihan. Misalnya, coba layanan web seperti RCSB PDB dan Molsoft. Ini adalah penampil file PDB online gratis yang menyediakan alat analisis dan visualisasi molekul tingkat lanjut.
Bagaimana cara mengonversi file PDB ke PDF?
Untuk mengonversi file PDB ke PDF, Anda dapat menggunakan aplikasi desktop gratis bernama Molekel. Ini menyediakan opsi Simpan ke PDF khusus yang memungkinkan Anda mengonversi file PDB ke format PDF. Anda dapat membuka file PDB dan kemudian klik opsi File > Save to PDF untuk mengonversi PDB ke PDF. Kami telah membahas perangkat lunak ini secara rinci dalam posting ini, lihat di atas.
Itu saja.
Sekarang baca:Perangkat lunak Pemodelan Molekuler gratis terbaik untuk Windows.
